缓蚀阻垢剂的作用机理也有三种:碱性物质、有机物和除垢。
缓蚀阻垢剂中的碱性物质通过化学反应与水中的钙镁盐反应生成水渣沉淀，通过污水排放排出循环水系统，从而降低水中钙镁离子的浓度，使其不结垢。缓蚀阻垢剂中的有机物会增加水渣的流动性，使其易于排出。同时，有机物会在金属表面形成一层阻挡层和保护膜，防止受热面形成水垢，保护受热面不受腐蚀，保证设备正常运行不受腐蚀。缓蚀阻垢剂长期投入循环水中后，还会与生成的旧垢发生化学反应，将旧垢剥离，实现除垢。
以上两种阻垢剂的作用机理表明，反渗透阻垢剂不同于循环水缓蚀阻垢剂，不能代替使用。如果在反渗透系统中加入循环水缓蚀阻垢剂，势必会直接堵塞反渗透膜元件，更严重的会造成膜元件报废，造成不可估量的损失。
