杀菌剂和杀藻剂对真菌有多种作用，通常是通过影响真菌的生长和分裂、孢子萌发以及产生呼吸抑制、细胞膨胀、细胞质解体、细胞壁破坏等异常现象，从而达到抑制或杀灭生物的目的。药物的杀菌或抑菌作用主要与化合物的性质、浓度和持续时间有关。

比如氯是氧化性杀菌剂，氯在水中生成分子态的次氯酸，次氯酸分子可以穿透微生物的细胞膜与蛋白质形成稳定的N-Cl键，使呼吸所必需的还原酶活性减弱或丧失，高浓度时会破坏细胞壁。以次氯酸形式加入水中的氯的比例越高，杀菌效果越好。

季铵盐类非氧化性杀菌剂，由于其表面活性和强渗透性，可以改变细胞壁的通透性，使细菌破碎；杀菌剂吸附在细菌表面后，酶失去活性，蛋白质变性。

异噻唑啉酮的杀菌机理是对微生物的细胞膜有很强的穿透能力，通过破坏细菌和藻类与蛋白质之间的结合来杀灭细菌和藻类。